工程研究中心实行理事会领导下的主任负责制，理事会是最高决策机构，设理事长1名，由共建单位法人代表（或授权委托人）兼任。理事会负责工程研究中心建设方针、发展战略、学科方向、发展规划、薪酬制度等重大事项，审定财务预算和决算，审议科研年度计划和人才培养计划，监督工程研究中心年度工作计划的执行情况。

工程研究中心设主任1名、副主任3名。主任根据理事会授权以及滁州学院学科改革实验区的相关政策独立开展相关工作，近期由陈桂林教授担任，后期面向全球招聘。副主任向主任负责，并分管技术研发、开放合作、成果推广以及行政管理与保障等工作。

工程研究中心下设三个办公室。综合办公室，处理日常事务。综合办公室负责中心日常管理，包括各项管理与工作制度的实施、条件建设、设备设施维修、内外联系、后勤保障、环境卫生、等等。科研管理办公室负责中心的项目管理、科研计划、科研成果、科技交流与活动等工作。成果推广与转化办公室负责对外开放与合作交流、校企合作等，开展中心研究成果的转化、智慧养老高新技术企业孵化工作。